Один з найвідоміших і найсильніших клубів Німеччини та світу. 27 лютого 1900 року члени футбольної секції гімнастичного союзу "MTV 1879 München" вирішили відділитись від союзу і створити власну, суто футбольну команду. Її назвали "Bayern" (німецька назва землі Баварія, столицею якої є Мюнхен). Клуб став одним з найсильніших і найпопулярніших команд міста (тоді й почалася принципова ворожнеча з іншим серйозним мюнхенським колективом  "Мюнхеном-1860").

Свій перший матч команда провела 4 квітня 1900 року.

Перший успіх прийшов до команди лише в сезоні 1925/26 року. "Баварія" була першою у турнірі Південної регіональної ліги, але, почавши боротьбу за звання чемпіона Німеччини, поступилася лейпцігській "Фортуні".

Тріумф прийшов у 1932 році, коли у фіналі чемпіонату Німеччини з рахунком 2:0 був обіграний "Айнтрахт" із Франкфурта-на-Майні.

Наступний трофей був завойований тільки через 25 років. Швидше за все, це було пов'язано з приходом до влади націонал-соціалістів.

У 1957 році футболісти "Баварії" у фіналі Кубка ФРН обіграли з рахунком 1:0 дюссельдорфську "Фортуну". Успіх той порахували випадковим, адже на міжнародній арені клуб легко поступився в Мюнхені з рахунком 3:0 київському "Динамо".

І в Бундеслігу, створену в 1963 році, команда потрапила не відразу.

У 1964 році з "Нордлінгена" прийшов Герд Мюллер.

У 1965 році "Баварія" лідирувала в регіональній лізі, виграла перехідний турнір і завоювала путівку в бундеслігу, де відразу ж зайняла третє місце і завоювала Кубок країни.

Вдалим вийшов і дебют в Кубку кубків. 31 травня 1967 року у Нюрнберзі при несамовитій підтримці сімдесятитисячного стадіону "Баварія" переграла шотландський "Рейнджерс" із мінімальним рахунком.

У 1969 році "Баварія" була першою і в чемпіонаті бундесліги, і в Кубку країни.

1974 стає для "Баварії" тріумфальним. У фіналі Кубка чемпіонів вона перемагала у двоматчевому поєдинку мадридський "Атлетіко".

У тому ж році гравці "Баварії" склали кістяк збірної ФРН, яка завоювала на рідній землі титул чемпіона світу.

У 1980-их рр. "Баварія" мала фінансові проблеми. Проте на полі команда демонструвала гру високого рівня. У 1982, 1984 і 1986 рр. команда стала володарем Кубка Німеччини. У 1980/81, 1984/85, 1985/86, 1986/87, 1988/89, 1989/90 рр. "Баварія" виграла чемпіонат. У 1981-82 і 1986-87 рр. команда доходила до фіналу кубку чемпіонів.

На початку 1990-х рр. "Баварію" лихоманило, і великих перемог вона не досягла. Але в 1994 році в команду прийшов Франц Беккенбауер і у цьому ж році команда виграла Чемпіонат Німеччини. У тому ж році Франц Беккенбауер був призначений президентом клубу, але його наступники на посаді головного тренера команди Джованні Трапаттоні і Отто Рехагель не виправдали очікувань і в 1996 році Бекенбауер повернувся як тренер, і привів команду до перемоги в 1996 в Кубку УЄФА. У 1998 році до "Баварії" прийшов Оттмар Хітцфельд і майже відразу команда досягла успіхів як на внутрішньому, так і на європейському фронтах. У сезоні 1998/99 рр. "Баварія" виграла Чемпіонат Німеччини  і дійшла до фіналу Ліги чемпіонів, де в драматичному матчі на останніх секундах програла "Манчестер Юнайтед" з рахунком 2:1.

У 2001 році "Баварія" виграла Лігу чемпіонів. Під керівництвом Фелікса Магата Баварія 2 рази ставала чемпіоном і володарем Кубка Німеччини у 2005 і 2006 рр. 8 травня 2010 року, вигравши на виїзді у "Герти", "Баварія" стала чемпіоном країни. 15 травня 2010 року, Баварія в 15 раз завоювала Кубок Німеччини. 22 травня 2010 року, у фіналі Ліги чемпіонів "Баварія" програла міланського "Інтеру" з рахунком 2:0.

Чемпіон Німеччини (22): 1932, 1969, 1972, 1973, 1974, 1980, 1981, 1985, 1986, 1987, 1989, 1990, 1994, 1997, 1999, 2000, 2001, 2003, 2005, 2006, 2008 і 2010.
Кубок Німеччини (15): 1957, 1966, 1967, 1969, 1971, 1982, 1984, 1986, 1998, 2000, 2003, 2005, 2006, 2008 і 2010.
Суперкубок Німеччини (тричі): 1982, 1987 і 1990.
Кубок ліги (6): 1997, 1998, 1999, 2000, 2004 і 2007.
Кубок європейських чемпіонів (4): 1974, 1975, 1976, 2001.
Кубок володарів кубків: 1967.
Кубок УЄФА: 1996.
Міжконтинентальний Кубок (двічі): 1976 і 2001.

Фіналіст Ліги Чемпіонів УЄФА (2): 1998/99, 2009/10

Deutscher Meister: 1932, 1969, 1972, 1973, 1974, 1980, 1981, 1985, 1986, 1987, 1989, 1990, 1994, 1997, 1999, 2000, 2001, 2003, 2005, 2006, 2008, 2010
DFB-Pokalsieger: 1957, 1966, 1967, 1969, 1971, 1982, 1984, 1986, 1998, 2000, 2003, 2005, 2006, 2008, 2010
Sieger Champions League: 2001
Sieger Europapokal der Landesmeister: 1974, 1975, 1976
Sieger Europapokal der Pokalsieger: 1967
Sieger UEFA-Pokal: 1996
Weltpokalsieger: 1976 und 2001
Deutscher Supercup: 1983, 1987 und 1990, 2010
Deutscher Ligapokal: 1997, 1998, 1999, 2000, 2004, 2007

У цьому сезоні команда тривалий час очолювала турнірну таблицю, однак серія невдач на початку другого кола відкинула підопічних Юпа Хайнкеса з першого місця.